É mais fácil entender analisando cada palavra da expressão "Legítimo Porto Imperial":
Legítimo - refere-se ao bacalhau tipo Cod Gadus Morhua.
Porto - é uma denominação que identifica peixes com peso acima de 2,5 kg; o peixe com peso menor é identificado comercialmente como "Codinho".,
Imperial - o bacalhau pode ser imperial, universal ou popular; o imperial é o peixe de melhor aparência, que foi bem limpo, bem escovado e bem curado. É normal encontrarmos o Legítimo Porto Universal, porque nas importações do produto 80% são classificados como Imperial e 20% como Universal.
Mas a diferença entre Imperial e Universal é só na aparência: o sabor é o mesmo.

OBS: Muitos supermercados identificam o Cod - Gadus Macrocephalus ou Bacalhau do Pacífico ( o "clone" do legítimo ) como "Bacalhau Porto Imperial". O macrocephalus é entre 10 a 20% mais barato que o legítimo, por isso tem sido importado em larga escala no Brasil, inclusive porque sua oferta é bem maior que a do Legítimo Cod - Gadus Morhua.
Do ponto de vista técnico, os supermercados estão corretos, porque são peixes tipo "cod", com mais de 2,5 kg e na categoria Imperial. Mas com isto confundem o consumidor, que é induzido ao erro ao pensar que está comprando o melhor, visto que o bacalhau está identificado como Porto Imperial, quando na verdade está levando um produto inferior. É um assunto delicado, e só será resolvido quando houver uma legislação específica sobre a nomeclatura do bacalhau no ponto de venda, o que está sendo realizado pelo Ministério da Agricultura.